La confusione tra le diverse forme di idrogeno — atomico, molecolare e ioni di idrogeno — è un problema comune nei video e nei testi sull’acqua idrogenata. Quando si parla di generatori di acqua arricchita con idrogeno, spesso vengono menzionati ioni di idrogeno, come anioni o cationi di idrogeno. Inoltre, si fa talvolta riferimento agli ioni idronio.
Chiariamo la struttura dell’atomo di idrogeno:
L’atomo di idrogeno 
è l’atomo più comune nell’universo ed è molto semplice nella sua composizione, costituito da un solo protone e un solo elettrone.
La molecola di idrogeno, indicata come H2 
è formata da due atomi di idrogeno. Ogni atomo di idrogeno, come detto in precedenza, è composto da un protone e un elettrone. Nella molecola di idrogeno, questi due atomi si uniscono tramite un legame covalente, condividendo i loro elettroni.
Ioni, anioni, cationi 
Gli ioni sono particelle che possiedono una carica elettrica. Per esempio, se un elettrone viene rimosso da un atomo di idrogeno, si ottiene un catione di idrogeno con carica positiva (H+). Al contrario, se si aggiunge un elettrone a un atomo di idrogeno, si forma un anione di idrogeno con carica negativa (H-).
Lo ione di idrogeno positivo è H+ (un catione, cioè si muove verso il catodo, l’elettrodo negativo), ed è essenzialmente un atomo di idrogeno privo del suo elettrone, quindi in pratica un singolo protone.
Ioni idronio
Talvolta nei video sui generatori di acqua idrogenata si parla di ioni idronio. Che cos’è uno ione idronio? In acqua, gli ioni di idrogeno con carica positiva (H+) si “legano” alle molecole d’acqua (H2O), formando questa struttura.
Questo è lo ione idronio.

Se nell’ambiente sono presenti molti ioni di idrogeno positivi (H+), si crea un ambiente acido con un pH inferiore a 6, ad esempio 2 o 3.
Benefici dell’idrogeno molecolare
Quando si parla dei benefici dell’idrogeno, ci si riferisce esclusivamente ai benefici dell’idrogeno molecolare (H2), sia come gas disciolto nell’acqua sia come gas inalato — e non a nessuna forma di ioni di idrogeno.